의료비 세액공제 — 같은 영수증인데 45만 원이 갈리는 자리

작년 한 해 병원과 약국에 500만 원을 썼습니다. 총급여는 5,000만 원이고요. 의료비 세액공제로 얼마를 돌려받을까요?

답이 하나가 아닙니다. 같은 500만 원인데 97만 5천 원이 되기도 하고 52만 5천 원이 되기도 합니다. 영수증 금액은 똑같은데 45만 원이 사라집니다.

두 번 돌려 봤습니다

500만 원 중 300만 원이 난임시술비였다고 하겠습니다. 이 돈을 계산기의 어느 칸에 넣느냐만 바꿨습니다.

공제 대상 금액은 350만 원으로 똑같습니다. 문턱 150만 원을 뺀 결과도 같고요. 그런데 결과가 45만 원 벌어졌습니다.

갈래마다 공제율이 다릅니다

소득세법 제59조의4 제2항은 의료비를 네 개의 호로 나눠 놓았습니다. 호마다 붙는 세율이 다릅니다.

난임시술비는 30%입니다. 일반 의료비의 두 배죠. 300만 원짜리 영수증을 제1호 칸에 넣으면 30%를 받을 자리에서 15%만 받게 됩니다. 위 표의 45만 원이 정확히 그 차이입니다.

연말정산 간소화 자료는 항목을 갈라 주지만, 난임시술비는 병원에서 따로 확인서를 받아 제출해야 하는 항목입니다. 가만히 두면 일반 의료비로 넘어갑니다.

미숙아 의료비도 같은 자리에서 샙니다

제3호는 20%입니다. 500만 원 중 400만 원이 미숙아 치료비였던 경우로 다시 돌렸습니다.

17만 5천 원 차이입니다. 난임만큼 크지는 않지만 그냥 버리기엔 아깝습니다.

700만 원 한도가 무는 자리

여기까지는 세율 이야기였습니다. 한도는 또 다른 문제예요.

연 700만 원 한도는 제1호에만 붙습니다. 제2호부터는 한도가 없습니다. 그래서 의료비가 클수록 갈래를 나누는 값이 커집니다. 총 1,000만 원을 쓴 경우입니다.

세율은 양쪽 다 15%로 같습니다. 갈린 이유는 오직 한도예요. 전부 일반 칸에 넣으면 850만 원 중 150만 원이 한도에서 잘려 나갑니다.

본인이 큰 수술을 받은 해, 65세가 넘은 부모님을 모신 해라면 이 자리를 반드시 봐야 합니다.

문턱이 빠져나가는 순서

네 갈래로 나뉘어 있으니 총급여 3%라는 문턱을 어디서 빼는지가 문제가 됩니다. 조문은 순서를 정해 두었습니다. 제1호에서 먼저 빼고, 모자라면 그 모자란 만큼만 제2호로 넘깁니다.

총급여 5,000만 → 문턱 150만
일반 의료비 100만 · 본인 의료비 300만

  제1호   100만 − 150만  →  0        50만이 남는다
  제2호   300만 −  50만  →  250만    남은 50만만 여기서 뺀다

문턱을 두 번 빼지 않습니다. 이 순서 덕분에 일반 의료비가 적은 사람도 손해를 보지 않습니다.

거꾸로 말하면 문턱은 세율이 낮은 칸에서 먼저 없어집니다. 납세자에게 유리한 순서죠.

반대 방향의 실수 — 실손보험금

지금까지는 덜 받는 이야기였습니다. 더 받는 것처럼 적었다가 나중에 토해내는 경우도 있습니다.

의료비 세액공제의 대상은 근로자가 직접 부담한 금액입니다. 시행령이 실손의료보험금을 정의에서 통째로 덜어 냅니다. 병원에 낸 돈이 아니라 내 주머니에서 나간 돈을 봅니다.

45만 원이 부풀어 있습니다. 앞의 사례와 액수가 비슷한데 방향이 반대예요. 이쪽은 가산세가 따라붙습니다.

건강보험공단의 본인부담금상한제 사후환급금도 국세청이 제외 항목으로 안내하고 있습니다. 환급이 이듬해에 이뤄지는 탓에 놓치기 쉬운 자리입니다.

맞벌이라면 문턱이 낮은 쪽으로

문턱은 총급여의 3%라 사람마다 다릅니다. 같은 300만 원을 누구 앞으로 몰아 놓느냐로 결과가 달라집니다.

11만 2,500원 차이입니다. 소득이 높은 쪽에서 받는 것이 유리한 소득공제와 방향이 반대라는 점을 기억해 두세요. 의료비는 세액공제라 세율 구간의 영향을 받지 않고, 문턱만 낮으면 됩니다.

다만 의료비는 지출한 사람 앞으로만 몰 수 있습니다. 결제자를 나중에 바꿔 적을 수는 없습니다. 연중에 정해 두는 것이지 연말정산 때 정하는 것이 아닙니다.

자녀 의료비에는 조건이 하나 더 붙습니다. 그 자녀를 기본공제 대상으로 올린 쪽이 직접 낸 것만 공제됩니다. 남편이 자녀를 기본공제로 올렸는데 아내가 병원비를 냈다면, 남편은 낸 사람이 아니라서 아내는 남의 기본공제대상자를 위해 쓴 돈이라서 양쪽 다 공제를 받지 못합니다(국세청 국세상담센터 안내). 배우자 본인의 의료비에는 이 제한이 없어 낸 사람이 공제받습니다. 문턱이 낮은 쪽으로 옮기려면 기본공제도 같은 쪽에 두어야 합니다.

지방소득세를 더하면 1.1배

근로소득 연말정산에서 개인지방소득세는 원천징수하는 소득세의 10%로 따라옵니다(지방세법 제103조의13 제1항). 소득세가 97만 5천 원 줄면 지방소득세도 9만 7,500원 줄어 합계 107만 2,500원이 됩니다.

돌려받을 세금 자체가 없으면 이 계산은 의미가 없습니다. 세액공제는 산출세액을 깎는 것이라 낼 세금이 0원인 사람에게는 깎을 자리가 없습니다.

확인하지 못한 것

국세청의 공식 계산 예시를 찾지 못했습니다. 국세청 의료비·보험료 세액공제 안내와 국세상담센터 문답을 직접 열었지만 공제율·한도·제외 항목만 있고 숫자를 끝까지 따라간 예제는 없었습니다. 그래서 이 글의 숫자는 전부 소득세법 조문을 그대로 옮긴 계산기를 돌려서 얻은 값입니다. 공공기관이 발표한 정답지와 대조한 것이 아니라는 뜻입니다.

지방소득세 쪽에는 아직 못 푼 자리가 하나 남았습니다. 지방세특례제한법 제97조의4 제2항에도 의료비 특별세액공제가 따로 있는데, 이 조문은 소득세법과 구조가 다릅니다. 미숙아 20%·난임 30% 구분이 없고 전부 1,000분의 15로 적혀 있습니다. 근로소득 연말정산에서는 위에 적은 특별징수 규정(소득세의 10%)이 작동하므로 결과가 1.1배로 맞습니다만, 두 조문이 어떻게 맞물리는지는 확인하지 못했습니다. 확인 못 한 것을 확인한 것처럼 적지 않겠습니다.

정리

• 난임시술비 30%, 미숙아·선천성이상아 20%, 나머지 15%입니다. 갈래를 안 나누면 세율을 잃습니다
• 연 700만 원 한도는 일반 부양가족 의료비에만 붙습니다
• 문턱은 일반 의료비에서 먼저 깎이고, 모자란 만큼만 다음 갈래로 넘어갑니다
• 실손보험금으로 돌려받은 금액은 빼고 적습니다. 이쪽 실수는 가산세로 돌아옵니다

함께 보면 좋은 계산

연말정산 전체 흐름은 연말정산 계산기에서 볼 수 있습니다.

카드로 결제한 의료비는 신용카드 소득공제 계산기도 함께 확인하세요.

세액공제를 더 채울 자리는 IRP 세액공제 계산기에 정리해 두었습니다.

월 실수령액은 실수령액 계산기에서 확인합니다.

퇴직할 때의 계산은 퇴직금 계산기를 쓰세요.

소득세법 제59조의4(시행 2026.1.1.)와 같은 법 시행령 제118조의5(시행 2026.7.1.) 기준입니다.